Dengan keluarnya Keputusan Rektor UIN Alauddin Makassar Nomor: 354 Tahun 2015 Tanggal 31 Desember 2015 tentang Pemberlakuan Logo Baru UIN Alauddin Makassar, maka mulai tanggal 4 Januari 2016 logo baru UIN Alauddin resmi diberlakukan. Pada masa transisi ini, penggunaan logo lama (1965-2015) hanya ditolerir berlaku selama bulan Januari 2016. Seluruh kantor dan pejabat berwenang yang masih menggunakan logo lama sesudah bulan Januari 2016, baik untuk stempel, kop surat, bendera, atau penggunaan lainnya, dianggap tidak sah.
