Struktur Organisasi dan Tata Kerja UIN Alauddin Makassar diatur dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 5 tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Alauddin Makassar. Bab II Pasal 4 Peraturan Menteri Agama tersebut menyebutkan bahwa UIN Alauddin Makassar terdiri atas :

  • Dewan Penyantun
  • Rektor dan Pembantu Raktor
  • Senat Universitas
  • Fakultas
    1. Syariah dan Hukum
    2. Tarbiyah dan Keguruan
    3. Ushuluddin dan Filsafat
    4. Adab dan Huminora
    5. Dakwah dan Komunikasi
    6. Sains dan Teknologi
    7. Ilmu Kesehatan
  • Program Pascasarjana
  • Lembaga Penelitian
  • Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat
  • Biro Adminstrasi Akademik dan Kemahasiswaan
  • Biro Administrasi Umum
  • Unit PelaksanaTeknis
  • Perpustakaan
  • Pusat Bahasa
  • Pusat Informasi dan Komputer