Struktur Organisasi dan Tata Kerja UIN Alauddin Makassar diatur dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 5 tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Alauddin Makassar. Bab II Pasal 4 Peraturan Menteri Agama tersebut menyebutkan bahwa UIN Alauddin Makassar terdiri atas :
