Struktur Organisasi dan Tata Kerja UIN Alauddin Makassar diatur dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 5 tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Alauddin Makassar. Bab II Pasal 4 Peraturan Menteri Agama tersebut menyebutkan bahwa UIN Alauddin Makassar terdiri atas :

  • Dewan Penyantun
  • Rektor dan Pembantu Raktor
  • Senat Universitas
  • Fakultas
    1. Syariah dan Hukum
    2. Tarbiyah dan Keguruan
    3. Ushuluddin dan Filsafat
    4. Adab dan Huminora
    5. Dakwah dan Komunikasi
    6. Sains dan Teknologi
    7. Ilmu Kesehatan
    8. Ekonomi dan Bisnis Islam
  • Satuan Pengawas Internal (SPI)
  • Program Pascasarjana
  • Lembaga Penelitian
  • Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat
  • Biro Adminstrasi Akademik dan Kemahasiswaan
  • Biro Administrasi Umum
  • Unit PelaksanaTeknis
  • Perpustakaan
  • Pusat Bahasa
  • Pusat Informasi dan Komputer