Pejabat Rektor, Wakil Rektor, dan Kepala Biro setelah tahun pertama perubahan kelembagaan dari IAIN ke UIN Alauddin (mulai tanggal 10 Oktober 2005), terdiri dari :
Pejabat Rektor / Rektor dari Fase 1965 s.d sekarang Sejak berdirinya, IAIN "Alauddin" Makassar sampai berubah status menjadi UIN Alauddin (1965 s.d sekarang) telah dipimpin oleh kuasa Rektor dan Rektor sebagai berikut: 1. Haji Aroeppala, selaku Kuasa/Pejabat Rektor pertama dari tahun 1965 sampai 1968. 2. Drs. H. Muhyiddin Zain, Rektor, tahun 1968-1973. 3. Prof. H. Abdurrahman Syihab, Rektor, tahun 1973 -1979. 4. Drs. H. A. Moerad Oesman, Rektor, tahun 1979 -1985. 5. Dra. Hj. A. Rasdiyanah, Rektor, tahun 1985 -1994. 6. Drs. H. M. Shaleh A. Putuhena, Rektor, tahun 1994 -1998. 7. Prof. DR. H. Abd. Muin Salim, Rektor, 1998 -2002. 8. Prof. DR. H. Azhar Arsyad, MA, Rektor, 2002 - 2011. 9. Prof. Dr. H. A. Qadir Gasing HT.,M.S, 2011 - 2015. 10. Prof. Dr.Musafir Pababbari, M.Si, Rektor, 2015 - 2019. 11. Prof. Drs. Hamdan Juhannis M.A, Ph.D, Rektor, 2019 sampai sekarang