Rektor: Prof. Drs. Hamdan Juhannis M.A, Ph.D
Wakil Rektor I ( Bid. Akademik Pengembangan Lembaga ): Prof. Dr. Mardan, M.Ag.
Wakil Rektor II ( Bid. Adm. Umum dan Perencanaan Keuangan ): Dr.Wahyuddin, M.Hum.
Wakil Rektor III ( Bid. Kemahasiswaan): Prof.Dr.Darussalam, M.Ag.
Wakil Rektor IV ( Bid. Kerjasama dan pengembangan Lembaga ): Dr.H.Kamaluddin Abunawas, M.Ag.
Kepala Biro Adm. Akademik, Kemahasiswaan dan Kerjasama: Dr. Kaswad Sartono
Kepala Biro Adm. Umum, Perencanaan dan Keuangan: Drs.H. Bustan Ramli, M.Si.

Pejabat Rektor, Wakil Rektor, dan Kepala Biro setelah tahun pertama perubahan kelembagaan dari IAIN ke UIN Alauddin (mulai tanggal 10 Oktober 2005), terdiri dari :

Rektor: Prof Dr H Azhar Arsyad,MA
Pembantu Rektor I : Prof. Dr. H. Samiang Katu, M.Ag
Pembantu Rektor II : Prof. Dr. H. A. Qadir Gasing H.T.,M.S
Pembantu Rektor III : Prof. Dr. H. Bahaking Rama, M.S
Kepala Biro AAK: Drs. H. M. Yusuf Rahim, M.Pd
Kepala Biro AU: Drs. H.M. Ansar Ilyas

Pejabat Rektor / Rektor dari Fase 1965 s.d sekarang

Sejak berdirinya, IAIN "Alauddin" Makassar sampai berubah status menjadi UIN Alauddin (1965 s.d sekarang) telah dipimpin oleh kuasa Rektor dan Rektor sebagai berikut:
1. Haji Aroeppala, selaku Kuasa/Pejabat Rektor pertama dari tahun 1965 sampai 1968.
2. Drs. H. Muhyiddin Zain, Rektor, tahun 1968-1973.
3. Prof. H. Abdurrahman Syihab, Rektor, tahun 1973 -1979.
4. Drs. H. A. Moerad Oesman, Rektor, tahun 1979 -1985.
5. Dra. Hj. A. Rasdiyanah, Rektor, tahun 1985 -1994.
6. Drs. H. M. Shaleh A. Putuhena, Rektor, tahun 1994 -1998.
7. Prof. DR. H. Abd. Muin Salim, Rektor, 1998 -2002.
8. Prof. DR. H. Azhar Arsyad, MA, Rektor, 2002 - 2011.
9. Prof. Dr. H. A. Qadir Gasing HT.,M.S, 2011 - 2015.
10. Prof. Dr.Musafir Pababbari, M.Si, Rektor, 2015 - 2019.
11. Prof. Drs. Hamdan Juhannis M.A, Ph.D, Rektor, 2019 sampai sekarang