Belanda datang dengan memperkenalkan pendidikan sekuler, seperti yang sedang berlangsung di negeri mereka. Muhammad Natsir dan Kasman Singodimejo mengeluh belajar di sekolah Belanda karena tidak mendapatkan pendidikan agama. Orang Belanda dengan enteng menjawab bahwa di sekolah Belanda mulai dari Volschool (Sekolah Rakyat) sampai Hoger Onderwajs (Perguruan Tinggi) tidak mengajarkan masalah akhirat (agama). Akhirnya keduanya belajar agama di sore hari di tempat lain.
Celakanya, para Kyai di Pesanteren memperkenalkan pendidikan sebaliknya, yaitu hanya mengajarkan agama. Jadi, Belanda tidak saja menjajah secara fisik juga memperkenalkan kebiasan di negeri mereka, yaitu pendidikan sekuler. Pendidikan dikotomi demikian, tetap berlanjut sampai setelah kemerdekaan. Jika ingin belajar agama, mulai dari Ibtidaiyah, Tsanawiah, Aliah, dan Perguruan Tinggi Agama. Sebaliknya, jika ingin belajar umum, mulai dari SD, SMP, SMA, dan Univetsitas. Hal demikian berlangsung selama tiga setengah dekade setelah kemerdekaan. Pada hal ini warisan kolonial para ilmuwan muslim di masa awal tidak mengenal dikotomi keilmuwan. Al-Gazali seorang filosof ahli agama tetapi beliau juga matematekawan, tetapi yang banyak dikenal keahliannya oleh umat Islam adalah di bidang tasawuf. Ibnu Rusyd ahli filosof tetapi penulis buku fikih yang terkenal, yaitu بداية المجتهد. Ibn Sina sebagai folosof muslim dikenal s juga sebagai ahli di bidang kedokteran. Ibn Khaldun seorang agamawan dikenal juga sebagai sosiolog.
Nantilah, perubahan kurikulun ini di Indonesia pada tahun 1967. Pendidikan agama dimasukkan pengetahuan umum atau sebaliknya. Di masa priode Prof. Quraish Shihab sebagai Rektor IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Pada tahun 2002 beliau menunjuk Prof. Dr. Azyumardi Azra, almarhum, sebagai wakil Rektor I dan menugaskannya melakukan alih status dari IAIN menjadi UIN dengan tujuan untuk integrasi ilmu pengetahuan. Artinya, ahli agama memberi wawasan umum pada keahliannya dan ahli umum memberi wawasan agama pada pengetahuan umum. Bahkan di UIN sedang didirikan Fakultas umum: seperti Fakultas ekonomi, hukum, teknologi, komunikasi, humaniora, dan kedokteran, seperti UIN Alauddin Makassar. Sekarang sedang berdiri 14 UIN seluruh Indonesia.
Awalnya integrasi ini mengalami tantangan, sekarang sudah berjalan dengan baik. من جد وجد Pada mulanya, integrasi keilmuwan dimulai dari lembaga-lembaga kajian. Pengkajian Aqsha yang dipelopori oleh para dokter yang diketuai oleh almarhum dr. M.N. Anwar telah mulai mengkaji pengetahuan agama dan umum. Menurut orang yang berlatar belakang pengetahuan umum, "Sungguh menarik bahasan agama jika nara sumbernya dari ahli umum atau sebaliknya alangkah menariknya jika bicara agama dari nara sumber yang berpengetahuan umum. Pengkajian Aqsha, saya sedikit tahu, karena saya terlibat di dalamnya sebagai pelaku sejarah di awal tahun 1980-an. Pengajian Aqsha selevel dengan Kajian Salahuddin di UGM Jokyakarta atau Pengkajian Salman di ITB Bandung.
Wasalam, Kompleks GPM, 25 Maret 2023 M/03 Ramadan 1444 H
